Bruce Wayne, alors qu'il était encore dans la fleur de son enfance, a assisté impuissant au meurtre de ses richissimes parents. Profondément traumatisé, il grandit tant bien que mal, obnubilé par un désir viscéral de vengeance, se promettant bien d'éviter à quiconque de subir la même épreuve. En exil en Asie, il fait la rencontre de plusieurs personnages qui influeront de façon décisive sur sa destinée. La Ligue des ombres, une communauté ninja relevant du domaine sectaire dirigée par Ra's Al Ghul, un dangereux et omnipotent magnat âgé de quelques siècles, se chargera de son entraînement physique. De retour à Gotham City, il retrouve la cité complètement subjuguée à l'emprise de sinistres psychopathes et de chefs de gang véreux. De plus, la gestion des entreprises Wayne dont il est l'héritier, devient de plus en plus opaque et hors de son contrôle. Après avoir découvert l'entrée d'une grotte insoupçonnée au sous-sol du manoir et confectionné un habit/prototype paramilitaire, Bruce Wayne assume le rôle de Batman, justicier masqué nocturne.
Dès sa sortie le 15 juin 2005, Batman Begins se place directement en première position du box-office américain, pour deux semaines, et restera dans le top pendant vingt semaines. En France, le film prend la deuxième position avec 1 506 332 entrées et s'intercale entre Poupées russes et Star Wars : épisode III - La Revanche des Sith.

Le film réalisé par Christopher Nolan ne comporte aucun référent chronologique aux films précédents réalisés par Tim Burton ou Joel Schumacher. Il s'agit donc bel et bien d'une nouvelle saga tout à fait indépendante de la précédente (initiée en 1989). La suite de Batman Begins s'intitule The Dark Knight (sortie le 13 août 2008).

Différences avec le comics
Ce qui suit dévoile des moments clés de l’intrigue.
Le personnage principal Rachel Dawes (incarné par Katie Holmes) et tout ce qui s'y rattache ont été inventés pour les besoins du film.
L'asile d'Arkham n'est pas situé habituellement au beau milieu d'un quartier comme c'est le cas dans le film, même si l'île sur lequel il se trouve est bien rattachée à la ville par des ponts-levis.
Crane n'est pas membre de l'asile d'Arkham.
Lucius Fox ne sait pas dans le comics que Bruce Wayne est Batman alors qu'ici il le devine. De plus, ce n'est pas non plus un expert en technologie doublé d'un biologiste mais un très bon gestionnaire d'entreprise (ce qu'il devient à la fin).
On peut noter la présence de Mr Zsasz (incarné ici par Tim Booth (en)), un ennemi récurrent de Batman, devenu pour ce film un homme de main de Carmine Falcone.
La Ligue des Assassins dirigée par Ra's Al Ghul a été renommée Ligue des Ombres. De plus, Ducard n'est pas un de ses membres dans le comics mais un simple chasseur de primes français qui entraînera Bruce Wayne.