La planète Krypton, abritant une civilisation très avancée depuis des millénaires, fait face à une destruction imminente due à son noyau devenu instable. Le conseil dirigeant est sous la menace du Général Zod et de ses sbires. Au même moment, Jor-El et sa femme Lara prennent la douloureuse décision d'envoyer leur fils nouveau-né Kal-El à travers les étoiles afin de préserver leur race. Alors que les autres Kryptoniens sont conçus via des manipulations génétiques, Kal-El est un enfant né de manière naturelle, ce qui rend son existence illégale7. Lorsque Zod découvre que le codex génétique des Kryptoniens a été implanté dans les cellules du bébé, il tente d'arrêter la navette. Une brève bagarre éclate, Zod assassine Jor-El. Pour son geste, le Général et ses partisans sont envoyés dans la Zone Fantôme, une prison errant dans l'espace. Au moment où la planète Krypton explose, Lara prie pour que son fils bâtisse un monde meilleur…

La navette de Kal-El erre dans l'espace avant d'arriver sur Terre, à Smallville, petite bourgade du Kansas. Jonathan et Martha Kent, un couple de fermiers, recueillent l'enfant et l'élèvent comme leur propre fils en le prénommant Clark. En grandissant, le garçon fragile se découvre des pouvoirs surhumains et attire la méfiance de ses camarades, dont il devient le souffre-douleur. C'est à l’adolescence que le jeune homme apprend par son père adoptif qu'il n'est pas de ce monde. Jonathan lui conseille alors de ne pas utiliser ses pouvoirs en public, de crainte que la société, non préparée pour une révélation de ce genre, ne le rejette. C'est en voulant à tout prix protéger le secret de son fils que Jonathan Kent trouve la mort, dans une tornade frappant le Kansas. Clark décide de voyager sous une fausse identité pour découvrir ce pourquoi il a été envoyé sur Terre. Il finit par découvrir un vaisseau éclaireur Kryptonien prisonnier dans la glace au Canada. L'engin est sous haute surveillance militaire, mais le jeune homme arrive à s'y introduire, sans se douter qu'il est suivi par Lois Lane, une jeune journaliste en pleine investigation pour le Daily Planet. Alors que la jeune femme est attaquée par un dispositif de surveillance à l’intérieur du vaisseau, Clark la soigne de ses blessures et la dépose au dehors, avant de faire décoller l'engin pour le mettre à l'abri des regards. Alors que Lois retourne à Métropolis, son rédacteur en chef Perry White rejette l'histoire qu'elle soumet sur son mystérieux sauveur surhumain. À bord du vaisseau, Clark découvre une technologie lui permettant de communiquer avec la conscience de Jor-El, son père biologique. L'hologramme lui révèle ses véritables origines et l'histoire de Krypton, ce monde ravagé par les guerres et l’arrogance des politiques. Le jeune homme revêt un costume kryptonien arborant un blason signifiant "espoir", et s'engage à défendre l'humanité par le recours à des pouvoirs extraordinaires qui ne cessent de s'accroitre au contact du soleil jaune et de l’atmosphère terrestre…
Après l'échec relatif de Superman Returns de Bryan Singer, qui n'avait pas dégagé suffisamment de bénéfice selon Warner Bros., l'idée de produire un nouveau volet de la saga Superman a longtemps été mis en suspens.

Warner décide alors de bâtir une nouvelle saga sur le même modèle que Batman Begins et ses suites à succès The Dark Knight : Le Chevalier noir et The Dark Knight Rises. Ainsi Christopher Nolan, son frère Jonathan et David S. Goyer, spécialiste des adaptations cinématographiques de comics, sont attachés au projet.

Occupé par le tournage de The Dark Knight Rises, Christopher Nolan annonce d'emblée qu'il ne réalisera pas le film mais qu'il le produira. Le 4 octobre 2010, Zack Snyder annonce au site Deadline qu'il sera le réalisateur de Man of Steel dès qu'il aura terminé la post-production de son film Sucker Punch.

Le 18 octobre 2010, Zack Snyder affirme que l'histoire de ce nouvel opus sera originale, se basant sur les premiers pas de Superman : « Comme je l'ai déjà expliqué, le film s'intéressera aux premiers jours de Superman, donc il n'y aura pas de liens avec les autres films ».

L'histoire de Man of Steel se rapproche des comics Superman for All Seasons (Jeph Loeb, 1998); Superman Birthright (Mark Waid, 2003) et Superman: Secret Origins (Geoff Johns, 2009). Ces trois séries retracent les premiers pas de Clark Clark en tant que super-héros.