Dans une société futuriste, le commerce des « clones » (traduit de l'anglais surrogates : un robot de substitution) est en plein développement. L'énorme majorité de la population pilote une version robotisée d'elle-même, actionnée mentalement. Pour éviter de se montrer en public, ces personnes se servent de leur « clone » pour tout faire à leur place : elles sont ainsi en grande partie immunisées contre les désagréments de la vie. Il existe pourtant des réserves, dirigées par un homme nommé « Le Prophète », où habitent des humains qui refusent d'utiliser cette technologie (Les Réfractaires).

Au début du film, un « clone » est détruit à l'aide d'une arme inusitée. Le propriétaire du « clone », fils de l'inventeur de cette même technologie, meurt couché dans son fauteuil sur le coup. Des « clones » de policier sont dépêchés sur place pour découvrir les causes de ce meurtre, premier à survenir depuis des années.

Pendant que l'enquête se déroule, l'agent Tom Greer (Bruce Willis) vit une situation tendue avec sa femme. Il tente de renouer le contact avec elle, sans utiliser un « clone » comme intermédiaire, mais elle refuse car minée par une situation dramatique, la mort de leur fils.

Après une poursuite dramatique qui se solde par la destruction de son « clone » dans l'une des réserves, l'agent Greer est suspendu pour avoir enfreint la délimitation du territoire des Réfractaires. Il en profite pour ré-apprendre à vivre une vie d'humain sans « clone ».

Pendant leur enquête, l'agent Greer et l'agent Peters (Radha Mitchell) mettront à jour une conspiration qui vise à détruire tous les « clones » et leurs propriétaires.
Clones (Surrogates) est un film de science-fiction américain de Jonathan Mostow sur le scénario de Michael Ferris et John Brancato d'après les personnages du comic book The Surrogates créés par Robert Venditti et Brett Weldele, mettant en scène Bruce Willis1, Radha Mitchell et Ving Rhames.

Il y a de nombreuses différences avec le comic, par exemple le prophète n'était pas un clone, de plus le Docteur Canter n'avait pas l'intention de tuer les utilisateurs et le héros voulait éviter l'arrêt des clones (mais il échoue). Toute la structure intellectuelle et politico-sociale est différente et l'histoire du héros avec sa femme a une issue tragique.