Le riche industriel américain Tony Stark débarque au Japon pour superviser sa dernière technologie qui permettrait de produire de l'énergie moins polluante et gratuitement.
Il dévoile également un nouveau prototype d'armure de haute efficacité, lui-même oeuvrant de son côté aux USA sous le pseudonyme d'Iron Man, travaillant à la protection de la population contre les attaques de nombreux supervilains.
Alors qu'un pilote teste la nouvelle armure, celle-ci devient comme folle et hors de contrôle.
Iron Man doit alors intervenir pour la stopper.
Stark va ainsi se retrouver rapidement confronté à l'étrange organisation Zodiac et ses robots ravageurs qui vont chercher à l'éliminer.
Dans ce nouveau combat et afin de percer les mystères qui se font jour, Stark se fait de nouveaux alliés, comme le capitaine Nagato Sakurai, la scientifique Chika Tanaka et la reporter Nanami Ota.
Il va également découvrir horrifié qu'une certaine personne qui a particulièrement compté dans les toutes premières heures de sa carrière et qui lui avait sauvé la vie, n'est pas morte et pourrait bien être passée du côté ennemi...